สำนักงานสภาสถาบันราชภัฏและสถาบันราชภัฏทุกแห่งได้ ขอพระราชทานเข้าร่วม สนองพระราชดำริ โครงการอนุรักษ์พันธุกรรมพืชอันเนื่องมาจากพระราชดำริ สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดา ฯ สยามบรมราชกุมารี โดยมีพระราชทานพระราชานุญาต เมื่อวันที่ 3 มีนาคม 2543 และต่อมาในปี 2552 มหาวิทยาลัยราชภัฏเชียงราย ได้รับพระราชานุญาตให้เข้าร่วมสนองพระราชดำริ ตามแผนแม่บทในระยะ 5 ปีที่สี่ (ตุลาคม 2549-กันยายน 2554) และตามแผนแม่บทระยะ 5 ปีที่ห้า (ตุลาคม 2554 – กันยายน 2559) แผนแม่บทระยะ 5 ปีที่หก (ตุลาคม 2559 – กันยายน 2564) และปัจจุบันเป็นการดำเนินงานตามแผนแม่บทระยะ 5 ปีที่เจ็ด (ตุลาคม 2564 – กันยายน 2569)

การดำเนินงานโครงการอนุรักษ์พันธุกรรมพืชอันเนื่องมาจากพระราชดำริ สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี มหาวิทยาลัยราชภัฏเชียงราย (อพ.สธ.-มร.ชร) เป็นลักษณะของการบูรณาการการทำงานร่วมกันหลากหลายหน่วยงานภายในมหาวิทยาลัย มีคณะกรรมการดำเนินงานโครงการฯ โดยมีอธิการบดีเป็นประธานและจัดทำแผนแม่บท อพ.สธ.- มร.ชร. ให้สอดคล้องกับแผนแม่บทโครงการอนุรักษ์พันธุกรรมพืชอันเนื่องมาจากพระราชดำริฯ มีคำสั่งแต่งตั้งคณะทำงาน เพื่อให้การดำเนินงานเป็นไปอย่างมีประสิทธิภาพ ตามกรอบการดำเนินงาน ของโครงการอนุรักษ์พันธุกรรมพืชอันเนื่องมาจากพระราชดำริฯ ซึ่งประกอบด้วย 3 กรอบ คือ กรอบการเรียนรู้ทรัพยากร กรอบการใช้ประโยชน์และกรอบการสร้างจิตสำนึก ภายใต้ฐานทรัพยากร 3 ฐาน ได้แก่ กายภาพ ชีวภาพและวัฒนธรรมและภูมิปัญญาท้องถิ่น